ワードプレスのショートコード、とても便利ですが基本的には記事や固定ページで使う事しかできません。
なので「テーマ編集」項目からテーマファイルに追記しても有効にならず、空白になったりおかしな表示になったりしてしまいます。

ショートコードはこんなやつです。
[gallery id="123"] このショートコードはワードプレスで標準装備されている画像ギャラリー機能を使うためのコードですが、他にもプラグインで使ったりショートコードを自作する事も出来ます。

そしてこれをテーマファイルに書いたときにも有効にしてくれる方法はこちら。

<?php echo do_shortcode('★ここにショートコード'); ?>

「★ここにショートコード」の部分に[gallery id="123"]などを挿入してお使い下さい。

これで記事や固定ページ以外の部分で使う場合でも有効になってくれます。

逆に記事・固定ページで、ショートコードをそのまま表示させたい場合の方法はこちらにまとめたのでご覧下さい。

こちらを参考にさせていただきました「ギャラリーショートコードの使い方」ありがとうございました。