サイトのドメインをwwwありで運営するかなしで運営するか、SEOにはどちらが有利なのか。
結論はどちらでも変わりません。
最近の傾向としては、wwwなしのサイトが増えてきているような気がします。

wwwは慣例として昔から使われていますが、付けなくてはいけないなどのルールはないため、「あり・なし」は運営者が自由に決められます。
ただ、両方存在（どちらでもアクセス可能な場合）している状態でヤフーカテゴリに登録申請すると、wwwありの方を登録されることになります。

SEOでいうと、両方存在する状態にしておくのは決していい状態とは言えません。
全く同じ内容のサイトが2つ存在している事になるので、重複コンテンツとみなされる場合があるからです。
以前は明らかにどちらかのインデックスが少なかったりページランクが違っているなど、明らかにパワーが分散されていると思われる現象がありましたが、最近のグーグルではその辺も考慮してくれているようで、同じ評価を与えてくれつつはありますが、どちらかに統一したほうが望ましい事には変わりません。

本題に入りますが、「.htaccess」を使って、wwwあり・wwwなしのどちらかに統一することが可能なので、その方法をご紹介します。
example.comというドメインを保有しているとして、「http://www.example.com」（WWWあり）に統一する場合、下記のコードをお使い下さい。

wwwありにする場合
RewriteEngine on
RewriteCond %{HTTP_HOST} ^(example\.jp)(:80)?
RewriteRule ^(.*) http://www.example.jp/\ [R=301,L]

次は、「http://example.com」（WWWなし）に統一する場合は下記のコードをお使い下さい。

wwwなしにする場合
RewriteEngine on
RewriteCond %{HTTP_HOST} ^(www\.example\.jp)(:80)?
RewriteRule ^(.*) http://example.jp/\ [R=301,L]
.htaccessの作成方法
メモ帳やテキストエディタで上記したコードを書き込み、名前を「.htaccess」で保存します。これを運営サイトのルートディレクトリに保存すれば完了です。なお、.htaccessという名前で保存できない場合は、なんでもいいので名前を付けて保存しアップロードした後に名前の変更を行って下さい。